Pesantren Modern Misbahul Ulum Paloh didirikan pada tanggal 26 Oktober 1992 di Desa Paloh Kec.Muara Dua Pemerintahan Kota Lhokseumawe Kab.Aceh Utara. Peletakan Batu Pertama bangunan Pesantren Modern Misbahul Ulum Paloh dilakukan oleh T.Djohan yang waktu itu menjabat Wakil Gubernur Aceh, juga dihadiri oleh Muspida TK.II Aceh Uatara, Muspika Muara Dua, Pimpinan PT.Arun NGL.Co, Pimpinan BDI PT.Arun, Para Alim Ulama serta warga masyarakat kemukiman Paloh. Lembaga Pendidikan ini bertujuan untuk mendidik para santri/ah menjadi kader-kader ummat yang memiliki Ilmu Pengetahuan Agama, Pengetahuan Umum dan menguasai suatu keterampilan dan keahlian khusus.
Sebelum Pesantren Modern Misbahul Ulum dibuka, telah berdiri disekelilingnya Pesantren Salafiyah Nurul Muhtadie, yang didirikan pada tahun 1987 oleh Tokoh Masyarakat bersama Remaja Mesjid At-Taqwa Paloh. Pesantren Salafiyah ini adalah tempat bagi para santri/ah untuk belajar Ilmu Agama, Akhlak dan Dakwah Islamiyah, sampai berkembang mempunyai santri/ah sebanyak 350 -orang.
Setelah berjalan beberapa tahun, muncul berbagai kendala antara lain masalah disiplin masuk ke Pesantren ketika belajar di malam hari. Untuk mengatasi permasalahan ini para guru/Ustaz, pengurus dan Remaja Mesjid At-Taqwa mengadakan musyawarah, yang menghasilkan suatu kesepakatan untuk mendirikan lembaga pendidikan tingkat Madrasah Tsanawiyah. Hal ini mendapat dukungan dari H.M.Thaib Mahmud dan tokoh-tokoh masyarakat Paloh. Kemudian dibentuklah panitia atau Badan Pengelola Madrasah Tsanawiyah yang terdiri yaitu : Tgk.H.M.Thaib Mahmud sebagai Pembina, Drs. Tgk. Ramli Amin sebagai Ketua, Drs. Tgk. Zakaria ZA sebagai Sekretaris dan ditambah beberapa anggota lainnya adalah : Tgk.Yusuf Syeh, Tgk.Anshari Daud, Drs.Zainal Abidin, Tgk.Affanuddin dan lain-lainnya.
Pada tahun 1989 Madrasah Tsanawiyah tersesbut diresmikan oleh Kandepag dan Kepala MTsN Lhokseumawe, dengan kondisi bangunan semi permanen. Perkembangan lembaga ini mengalami kemajuan tahap demi tahap, tetapi banyak juga kendala yang dihadapi, diantaranya masalah dana untuk operasional. Untuk mengatasi dana ini pengurus telah berusaha dengan meminta ban-tuan ke para Donatur baik individu maupun lembaga yang ada di desa Paloh, serta di proyek-proyek vital seperti : PT.Arun, PT.PIM, Mobil Oil dan Lembaga-lembaga lainnya.
Walaupun lembaga ini telah berjalan beberapa tahun, tapi masih dikelola oleh sebuah organisasi yang berbentuk kepanitiaan, belum ada Yayasan yang memiliki badan hukum. Berdasarkan rapat pengurus dan BP3 yang dihadiri oleh beberapa anggota pengurus Madrasah Tsanawiyah dan tokoh-tokoh masyarakat kemukiman Paloh. Maka pada tanggal 3 Januari 1990 dibentuklah sebuah Yayasan pendidikan yag bernama Yayasan Misbahul Ulum Paloh, yang diketuai oleh Drs.Tgk.Abu Bakar Karim SH dengan akte notaris No. 02/YMU/3JAN/1990
Adapun susunan pengurus pertama Yayasan Misbahul Ulum Paloh secara lengkap adalah :
Penasehat : Tgk.H.M.Thaib Mahmud.
Pembina : Ir.Azhari Ali
Said Ali
Tgk.Abdullah Ahmad
Tgk.Z.Arifin Ahmad
Ketua Umum : Drs.Tgk.Abu Bakar Karim SH.
Ketua I : Drs.Tgk.Ramli Amin
Ketua II : Tgk.Anshari Daud
Ketua III : Tgk.Muhammad Yusuf Syeh
Sekretaris Umum : Zakaria ZA.BA
Sekretaris I : Drs.Zainal Abidin
Sekretaris II : T.M.Amin Ibrahim
Sekretari III : Mahyuddin Ismail
Bendahara Umum : Drs.Asnawi Thaib SE.MM
Bendahara I : Tarmizi Z.Abidin
Bendahara II : Abdul Manaf Abdullah
Bendahara III : Abu Bakar H.Arifin
Komisaris-komisaris : Said Umar
Abdullah Hanafiah
Tgk.Affanuddi Yusuf
Kertasih Suherman
M.Yunus
Tgk.M.Jafar Ibrahim
Z.Rusli Musa
Dengan bermodalkan sejumlah dana dari hasil penjualan botol-botol bekas milik saudara A Manaf Abdullah gagasan ini mulai menapak kedepan. Badan hukum tentu menjadi penting artinya, agar keberadaan yayasan baru tersebut mendapat kekuatan di bidang hukum. Hal ini pulalah yang mendorong para perintis yayasan itu berusaha semaksimal mungkin untuk mendapatkan dukungan dana. Walaupun pada mulanya usaha mereka tersendat-sendat, Alhamdu-lillah atas pertolongan Allah SWT. program pendidikan berjalan seperti biasa.
Dengan semakin bertambahnya minat masyarakat untuk menyekolahkan anaknya di Madrasah Tsanawiyah, Madrasah Diniyah serta di Pesantren Nurul Muhtadie, Yayasan Misbahul Ulum mengembangkan programnya dengan membuka Pesantren Modern, atau dikenal dengan Pesantren Terpadu. Program ini mendapat dukungan penuh dari Prof.DR.H.Hasballah Thaib MA pimpinan Pesantren Darul Arafah pada saat itu, dengan mengirim beberapa tenaga guru ( Ustaz ) dari Medan yaitu :
Ust.Drs. Sholeh Fikri, Alumnus Gontor
Ust.Zainuddin Amir, S.Ag, Alumnus Gontor
Ust.Rahmad Lubis, Alumnus MTIH
Ust.Syaifuddin Herlambang, Alumnus MTIH
Pada tanggal 12 juli 1993 diresmikanlah Tahun Pelajaran Baru di Pesantren Modern Misbahul Ulum oleh Kol.Inf.Sridono Danrem 011/LW, bersama Muspida dan Pimpinan Provita, DR. Syekh Syakir Abdul Majid Al-Hassan guru besar Unversitas Al-Azhar Cairo dan Pembina PMMU Prof.DR.H.Hasballah Thaib MA.