Pesantren Modern Misbahul Ulum Paloh didirikan pada tanggal 26 Oktober 1992 di Desa Paloh Kec.Muara Dua Pemerintahan Kota Lhokseumawe Kab.Aceh Utara. Peletakan Batu Pertama bangunan Pesantren Modern Misbahul Ulum Paloh dilakukan oleh T.Djohan yang waktu itu menjabat Wakil Gubernur Aceh, juga dihadiri oleh Muspida TK.II Aceh Uatara, Muspika Muara Dua, Pimpinan PT.Arun NGL.Co, Pimpinan BDI PT.Arun, Para Alim Ulama serta warga masyarakat kemukiman Paloh. Lembaga Pendidikan ini bertujuan untuk mendidik para santri/ah menjadi kader-kader ummat yang memiliki Ilmu Pengetahuan Agama, Pengetahuan Umum dan menguasai suatu keterampilan dan keahlian khusus.

          Sebelum Pesantren Modern Misbahul Ulum dibuka, telah berdiri disekelilingnya Pesantren Salafiyah Nurul Muhtadie, yang didirikan pada tahun 1987 oleh Tokoh Masyarakat bersama Remaja Mesjid At-Taqwa Paloh. Pesantren Salafiyah ini adalah  tempat bagi para santri/ah untuk belajar Ilmu Agama, Akhlak dan Dakwah Islamiyah, sampai berkembang mempunyai santri/ah sebanyak  350 -orang.

          Setelah berjalan beberapa tahun, muncul berbagai kendala antara lain masalah disiplin masuk ke Pesantren ketika belajar di malam hari. Untuk mengatasi permasalahan ini para guru/Ustaz, pengurus dan Remaja Mesjid At-Taqwa mengadakan musyawarah, yang menghasilkan suatu kesepakatan untuk mendirikan lembaga pendidikan tingkat Madrasah Tsanawiyah. Hal ini mendapat dukungan dari H.M.Thaib Mahmud dan tokoh-tokoh masyarakat Paloh. Kemudian dibentuklah panitia atau Badan Pengelola Madrasah Tsanawiyah yang terdiri yaitu : Tgk.H.M.Thaib Mahmud sebagai Pembina, Drs. Tgk.  Ramli Amin sebagai Ketua, Drs. Tgk. Zakaria ZA sebagai Sekretaris dan ditambah beberapa anggota lainnya adalah : Tgk.Yusuf Syeh, Tgk.Anshari Daud, Drs.Zainal Abidin, Tgk.Affanuddin dan lain-lainnya.

          Pada tahun 1989 Madrasah Tsanawiyah tersesbut diresmikan oleh Kandepag dan Kepala MTsN Lhokseumawe, dengan kondisi bangunan semi permanen. Perkembangan lembaga ini mengalami kemajuan tahap demi tahap, tetapi banyak juga kendala yang dihadapi, diantaranya masalah dana untuk operasional. Untuk mengatasi dana ini pengurus telah berusaha dengan meminta ban-tuan ke para Donatur baik individu maupun lembaga yang ada di desa Paloh,  serta di proyek-proyek vital seperti : PT.Arun, PT.PIM, Mobil Oil dan Lembaga-lembaga lainnya.

          Walaupun lembaga ini telah berjalan beberapa tahun, tapi masih dikelola oleh sebuah organisasi yang berbentuk kepanitiaan, belum ada Yayasan yang memiliki badan hukum. Berdasarkan rapat pengurus dan BP3 yang dihadiri oleh beberapa anggota pengurus Madrasah Tsanawiyah dan tokoh-tokoh masyarakat kemukiman Paloh. Maka pada tanggal 3 Januari 1990 dibentuklah sebuah Yayasan pendidikan yag bernama Yayasan Misbahul Ulum Paloh, yang diketuai oleh Drs.Tgk.Abu Bakar Karim SH dengan akte notaris  No. 02/YMU/3JAN/1990

          Adapun susunan pengurus pertama Yayasan Misbahul Ulum Paloh secara lengkap adalah :

Penasehat                 :    Tgk.H.M.Thaib Mahmud.

Pembina                   :     Ir.Azhari Ali

                                      Said Ali

                                      Tgk.Abdullah Ahmad

                                      Tgk.Z.Arifin Ahmad

Ketua Umum            :     Drs.Tgk.Abu Bakar Karim SH.

Ketua  I                    :     Drs.Tgk.Ramli Amin

Ketua II                    :     Tgk.Anshari Daud

Ketua III                   :     Tgk.Muhammad Yusuf Syeh

Sekretaris Umum       :     Zakaria ZA.BA

 Sekretaris I                :     Drs.Zainal Abidin

Sekretaris II               :     T.M.Amin Ibrahim

Sekretari III               :      Mahyuddin Ismail

Bendahara Umum      :     Drs.Asnawi Thaib SE.MM

Bendahara  I              :      Tarmizi Z.Abidin

Bendahara II              :      Abdul Manaf Abdullah

Bendahara III            :      Abu Bakar H.Arifin

Komisaris-komisaris :  Said Umar

                             Abdullah Hanafiah

                             Tgk.Affanuddi Yusuf

                             Kertasih Suherman

                             M.Yunus

                             Tgk.M.Jafar Ibrahim

                             Z.Rusli Musa

       Dengan bermodalkan sejumlah dana dari hasil penjualan botol-botol bekas milik saudara A Manaf Abdullah gagasan ini mulai menapak kedepan. Badan hukum tentu menjadi penting artinya, agar keberadaan yayasan baru tersebut mendapat kekuatan di bidang hukum. Hal ini pulalah yang mendorong para perintis yayasan itu berusaha semaksimal mungkin untuk mendapatkan dukungan dana. Walaupun pada mulanya usaha mereka tersendat-sendat, Alhamdu-lillah atas pertolongan Allah SWT. program pendidikan berjalan seperti biasa.

          Dengan semakin bertambahnya minat masyarakat untuk menyekolahkan anaknya di Madrasah Tsanawiyah, Madrasah Diniyah serta di Pesantren Nurul Muhtadie, Yayasan Misbahul Ulum mengembangkan programnya dengan membuka Pesantren Modern, atau dikenal dengan Pesantren Terpadu. Program ini mendapat dukungan penuh dari Prof.DR.H.Hasballah Thaib MA pimpinan Pesantren Darul Arafah pada saat itu, dengan mengirim beberapa tenaga guru ( Ustaz ) dari Medan yaitu :

Ust.Drs. Sholeh Fikri, Alumnus Gontor

Ust.Zainuddin Amir, S.Ag, Alumnus Gontor

Ust.Rahmad Lubis, Alumnus MTIH

Ust.Syaifuddin Herlambang, Alumnus MTIH

Pada tanggal 12 juli 1993 diresmikanlah Tahun Pelajaran Baru di Pesantren Modern Misbahul Ulum oleh Kol.Inf.Sridono Danrem 011/LW, bersama Muspida dan Pimpinan Provita, DR. Syekh Syakir Abdul Majid Al-Hassan guru besar Unversitas Al-Azhar Cairo dan Pembina PMMU Prof.DR.H.Hasballah Thaib MA.